[Muzman]

С помощью параметров коммандной строки можно поменять практически все параметры БД msi. И эти параметры не только для msiexec'а но и для других интерпретаторов (например я иногда ещё встречаю av_exec, хотя последнее время все реже и реже). И конешно это неудобно делать с помощью командной строки. Намного удобнее это делать с помощью mst файлика, который можно создать любым упаковщиком/перепаковщиком (я пользуюсь WISE Studio).
И к сожалению technet не является лучшей помощью в освоении Windows Installer'а и иже с ним же msiexec'а. Намного больше информации можно найти тут (особенно если искать по нужным пакетам и форуму). А общая информация (и о том же msiexec'е) есть на MSDN'е (точнее).
Поэтому никаких недокументированных возможностей, по сути нет.