[NickM]

Не знаю, что делать, чтобы очисить это всё и создать заново System Reserved (EFI) и MSR. Также желательно, чтобы они были перед диском C, а они появлялись после. »

Без понимания, манипуляции с разделами чреваты.

Полагаю, будет правильным решением - это сохранить образ системы, инициализировать накопитель по новой, создать необходимую разметку и вернуть образ системы взад.