[Shanser]

В принципе я могу попытаться добавить содержимое этих файлов в тело программы и при запске извлекать и регистрировать при необходимости, но при это вырастет размер программы на размер этих файлов. Пока сам exe файл после обработки UPX довольно мал. И его просто выкладывать для обновления. Или проверять при запуске зарегистрирван файл или нет и если нет то копировать его в каталог system32 из папки с программой и регистрировать »

Самый лучший вариант будет если программа сама определяет или зарегистрированный файл или нет. Если зареганный - запустится, а если нет - зарегать его и все-равно запустится. Все это должно работать независимо от носителя на котором оно находится и максимально не зависить от софта установленного на пользовательском компе.
Что касается увеличения размера - не очень большая проблемма, поскольку я думаю он увеличится метра на 2 максимум. Кстати архиватор 7z еще никто не отменял. У меня он версию DriversInstaller 1.0.0 заархивировал на 100 кб меньше. Это конечно мелочи - однако их тоже надо учитывать.