[Smarty]

а winRE.wim можно использовать отдельно? »

У WINPE и WINRE разные задачи, отсюда и разные возможности.
Таблицу с поддерживаемыми командами для WINPE и WINRE можно посмотреть на Tom's Guide.
Лучше экспортировать в отдельный образ второй индекс из BOOT.WIM и использовать его.

---

Может у Вас есть идеи из-за чего это происходит? »

Без понятия...
Если бы какой-то дистрибутив не работал в сотне случаев из ста, то можно было бы более направленно искать проблему.
Но как писал FreshMen85 в посте #39, на второй раз прошло всё нормально.
Сам несколько раз сталкивался с подобным...