[DVDshnik]

На демпфирующий подвес диск закрепить разве что. А вот включения-отключения постоянные здоровья диску не добавляют.

Зы, это управление электропитанием диска задействовано для призрачной экономии электроэнергии.

[gannet]

Можно отключить индексацию на этом диске, если не используете поиск Windows

убрать галочку

а также дефрагментацию настроить по другому расписанию (при использовании диска не в качестве системного, а для хранения файлов его фрагментация обычно не растет такими быстрыми темпами, если, конечно, торрент не используете)

Win+R \ dfrgui

Также проверьте, что файл подкачки у вас на SSD.
Все это должно снизить частоту обращений системы к диску, а с программами вы уж как-нибудь сами

[dislike]

. Можно ли минимизировать количество таких включений hdd? Желательно, чтобы он раскручивался только, когда я захожу на него и что-то с него использую. »

Для справки: Win 8.1 не раскручивает второй HDD, пока к нему явно не обратишься, и без дополнительных настроек, т.е. не требовалось перенастраивать дефрагментацию, подкачку, пятое, десятое.
А вин10 вообще шлак, на каждом шагу убеждаюсь всё больше.

2. Можно ли сделать так, что hdd останавливался сразу после того как все папки, приложения и используемые файлы на нем были закрыты? »

Как вам уже намекнули, панель управления - электропитание - доп. настройки, и там найдете параметр времени ожидания HDD, по умолчанию около 20мин.

3. Может ли это нанести какой-то вред hdd подобные раскручивания и остановки? »

Не сильно больше, чем обычная эксплуатация. Технически ничем не отличается от обычного включения/выключения ПК. Вам же при покупке диска никто не скажет, что вам теперь нельзя включать и выключать компьютер слишком часто, правда? Свои уши дороже.

Может быть у вас антивирус барагозит или иное ПО? Попробуйте например в безопасном режиме погонять.