[Avatar-Lion]

обе системы грузятся с одного загрузчика »

...и это абсолютно нормально. Так сделана Windows: если вы ставите вторую ОС, то для нее не будет создаваться служебный раздел с загрузчиком и прочим добром, а просто добавляются нужные сведения в уже существующие параметры загрузки первой ОС. И у вас появляется выбор - какую систему загружать при старте ПК.

Просто надо вам было перед экспериментами понять один простой факт: если вы сотворите что-то с диском, где установлена первая ОС, то и вторая ОС не сможет загрузиться, поскольку все параметры для ее загрузки хранились на диске с первой ОС.

А дальше начинается непонятный конфликт. Между биосом, разделом загрузки и бэкапом оси.»

Нет там никакого конфликта. BIOS'у глубоко фиолетово на ваши эксперименты с операционными системами, разделами, бэкапами и прочей ерундой. Вы ему какой накопитель укажете первым в списке, с того он и попытается загрузиться. А уж будет на том диске Windows или нет, корректные у нее параметры загрузки или нет - ему, повторюсь, пофиг, ибо BIOS свое дело сделал, а дальше его ничего не колышет.

как разрулить эту ситуацию я просто не понимаю »

Еще раз:
1) Сохранить все что нужно с SSD.
2) Отключить все HDD, а SSD подключить к первому SATA-порту (обычно помечен как SATA_0)
3) Отформатировать SSD и установить на него Windows 10.
4) Подключить обратно все HDD.